Alfajarín es una población de origen árabe si atendemos su topónimo, según los filólogos Alfajarín significa “Los alfareros”. Pero son nulos los restos de antiguos hornos de alfareros musulmanes aunque si es mucha la cantidad de restos de cerámica. La leyenda habla de que el fundador del pueblo fue un rey moro de Zaragoza llamado Ben Alfaje. Lo más parecido a este personaje es un gobernador moro de Zaragoza llamado Aven Alfagt, que bien puede ser el mismo. Otra versión es la que relaciona el pueblo con Al-Muqtdir rey de Zaragoza y según muchos impulsor del castillo de esta localidad y por lo tanto el nacimiento del núcleo de población. La Aljaferia de Zaragoza debe su nombre a este rey y el parecido con Alfajarín es lo que ha llevado a muchos autores a decir que Alfajarín debe su nombre a Al-Muqtadir.

Lo cierto es que este origen árabe es la parte desde la que conocemos más o menos la historia de Alfajarín, pero parece ser que en esta zona pudo haber algún resto íbero y lo más contrastado una villa romana. La construcción de la A-2 saco a la luz los restos de una antigua villa romana y en ella apareció la cabeza de una escultura romana de aire provinciano. Por lo tanto en Alfajarín hay restos de vida desde una época que pertenece a la historia antigua, aunque esta sea bastante desconocida.

Pero entrando ya en la Edad Media, Alfajarín era uno de los focos más importantes del reino musulmán de Zaragoza. El castillo musulmán de Alfajarín se construiría como uno de los castillos defensivos y de vigilancia que durante el siglo X se construyeron por la ribera del Ebro. Si bien los pocos restos que se conservan hoy son posteriores y pertenecen a la fortificación que realizaron los Corneles en el siglo XIII y XIV. Por lo tanto el desarrollo del núcleo urbano de Alfajarín se hizo siempre al amparo del castillo, hacia el que siempre miro el pueblo.

Alfajarín y su castillo fueron reconquistados por Alfonso I de Aragón en 1119 después de la conquista de Zaragoza. Si bien el abandono por parte de los cristianos hizo que los musulmanes volvieran a coger el control de Alfajarín hasta la total reconquista en 1131. De esta fecha es cuando se conoce el primer señor de Alfajarín y el primer Abad que tratara de restablecer la fe cristiana y cree la Iglesia. Alfonso I da un documento por el que nombra a Sancho, abad y habla de Fortún Galindez como señor de Alfajarín. El lugar de Alfajarín era de realengo, es decir, pertenecía al rey hasta que en 1293 se le entrego el Señorío de Alfajarín a Pedro Cornel. En este periodo aparecen diferentes tenentes siempre dependiendo del rey como se demuestra en una documentación de 1225 en la que Jaime I permite a Elo Alvarez empeñar la villa de Alfajarín. La Iglesia de Alfajarín se hizo bajo la advocación de San Miguel pero también aparece el culto a Santa María Magdalena cuya Ermita se encuentra hoy en ruinas, además de la devoción hacía la Virgen de la Peña en la ermita que todavía hoy continua.

En 1293 Jaime II ordena que el castillo, la villa y las aldeas (Candasniellos, ya desaparecida) sean entregados a Pedro Cornel. Se convierte pues Alfajarín en un señorío dependiente de la familia de los Cornel, pasando en 1334 Jimeno Cornel, en 1348 Tomás Cornel, en 1352 Luis Cornel y posteriormente el hijo de este quien protagonizo una curiosa historia con Brianda de Luna (relatada en el apartado del Castillo). Estos Cornel fueron los encargados de fortificar la villa en la cual queda como resto la puerta de entrada de la muralla, el arco de La Portaza del siglo XIV; también ellos reformaron el castillo e hicieron en el interior una residencia para los señores.

En 1437 la Baronía deja de ser propiedad de los Cornel y Alfonso V de Aragón concedió a los hombres de la Baronía de Alfajarín franquicia perpetua a los derechos reales, con motivo de la adquisición de la Baronía por parte de Don Juan de Mur. La Baronía comprendía los lugares de Alfajarín, Candasniellos (poblado medieval situado en el término de Alfajarín, hoy desaparecido), Farlete, Nuez, Osera y Villafranca.

Juan de Mur nos dejo uno de los documentos más valiosos de la historia de Alfajarín, son los Privilegios concedidos a los moros de Alfajarín por su señor. La Baronía la heredo su hija María de Mur y el marido de esta Juan Pérez Calvillo, recordados por ser los que patrocinaron el Retablo de la Virgen de Montserrat en la Iglesia Parroquial. Después compraría la Baronía Miguel Gilbert y después paso a Don Juan de Coloma a finales del siglo XV. Juan de Coloma era secretario de Fernando “El Católico” y fue el encargado de firmar las Capitulaciones de Santa Fe que era el trato entre Colón y la corona para su viaje hacía las Indias. A este Señor de Alfajarín le debemos la torre mudéjar de la Iglesia encargada a Abdalla de Brea y Mahoma de Monferriz en 1486. Con él terminara el baile de dueños en la Baronía ya que esta pasara en 1496 a manos de Don Ramón de Espés, y quedara en la Casa de los Espés hasta su desaparición en el siglo XIX.

Los Espés fueron los encargados de realizar todo el montaje jurídico de la Baronía de Alfajarín. La Baronía de Alfajarín sería un ejemplo de la pervivencia del feudalismo durante toda la Edad Moderna y parte de la época contemporánea. Absolutamente todo lo que había en Alfajarín pertenecía al Señor desde las tierras, casas, molino, granero (todavía existe en la plaza Urbano Orad), leña, ganado bravo en el soto e incluso la vida de los habitantes ya que tenia el derecho jurisdiccional. Todos debían pagar impuestos a la Baronía, por ejemplo si utilizaban el horno de cada veinte panes debían de dar uno al Señor. Esto lo encontramos todavía en documentos fechados en 1817. En 1590 Don Pedro Alagón y Espés Señor de Alfajarín y su esposa Doña Esperanza Urries fundaron junto con Fray José de la Cueva (dominico) un convento de dominicos en la antigua ermita de Santa María Magdalena. En 1672 seria abandonado hasta su reconstrucción entre 1732 y 1734 por los Marqueses de Aytona, Señores de Alfajarín, pasando a ser la Ermita de la Virgen de la Cueva. A los Espés también debemos el escudo y bandera de Alfajarín, ya que su escudo es un grifo de oro sobre campo de azur. Este escudo lo podemos observar en la crucería de la ermita de la Virgen de la Peña.

Durante la Edad Moderna y Contemporánea el Ayuntamiento de Alfajarín mantuvo muchos pleitos con la Baronía, por la posesión de tierras, el pago de las cargas y diferentes circunstancias. Uno de los mayores defensores del pueblo fue Don Rafael José de Crespo abogado representante de Alfajarín contra la Baronía. Había nacido en Alfajarín en 1779 y fue consejero de Fernando VII además de oidor de la Real Audiencia de Aragón; también fue escritor. Es uno de los personajes más importantes de la historia de Alfajarín y también uno de los más desconocidos, murió en Alfajarín en 1842. Los pleitos entre Alfajarín y la Baronía llevaron al abogado de la Baronía a calificar a Alfajarín como “ese pueblo infernal”, ya que además entre 1820 y 1830 hubo varias rebeliones antiseñoriales. La Baronía desaparece con Doña María del Rosario Wall última señora territorial de la Baronía de Alfajarín, realizando una permuta de tierras con el Ayuntamiento y perdonando las deudas a los vecinos de Alfajarín en 1879, aunque se reservo la propiedad de algunas tierras. Vemos la larguísima pervivencia que tuvo una Baronía de carácter feudal en Alfajarín y que no todas acabaron con las Cortés de Cádiz en 1812.

Desde entonces Alfajarín sería un pueblo independiente dentro de la jurisdicción de Zaragoza y ya en el siglo XX viviría otra serie de importantes acontecimientos como fue la modernización del pueblo y algunos pasajes más difíciles como la Guerra Civil. Esto ha sido un repaso muy general de la historia de Alfajarín que da para muchísimo más y es difícil de resumir en tan poco espacio, en definitiva Alfajarín es un pueblo con mucha historia.